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全长16S / 18S二代测序


◈产品介绍


基于二代测序技术手段,进行基因组组装和基本分析,获得高质量基因组序列。为该物种的后基因组学研究奠定基础。

简单基因组:

CONTIG N50≥200KB,复杂基因组(小于2G):contig N50≥100Kb。

简单基因组6个月,复杂基因组视根据具体情况而定。


◈分析内容


标准信息分析

①下机数据过滤;

②基因组组装;

③全基因组精细注释:编码基因预测;

重复序列注释和转座元件分类;Non-coding RNA注释;假基因注释;

④基因功能注释:Nr库注释;KEGG代谢通路注释;

COG注释(Gene Ontology);TrEMBL注释;调控Motif预测。





◈高级信息分析



①基因家族聚类,特有、共有基因和基因家族统计;

②基因家族扩张收缩分析;

③系统发育树的构建;

④物种分化时间推算(需要化石标定);

⑤LTR形成时间估算;

⑥全基因组复制事件(一般为植物基因组的分析项);

⑦选择压力分析。


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