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全长16S / 18S二代测序
◈产品介绍
基于二代测序技术手段,进行基因组组装和基本分析,获得高质量基因组序列。为该物种的后基因组学研究奠定基础。
简单基因组:
CONTIG N50≥200KB,复杂基因组(小于2G):contig N50≥100Kb。
简单基因组6个月,复杂基因组视根据具体情况而定。
◈分析内容
标准信息分析
①下机数据过滤;
②基因组组装;
③全基因组精细注释:编码基因预测;
重复序列注释和转座元件分类;Non-coding RNA注释;假基因注释;
④基因功能注释:Nr库注释;KEGG代谢通路注释;
COG注释(Gene Ontology);TrEMBL注释;调控Motif预测。
◈高级信息分析
①基因家族聚类,特有、共有基因和基因家族统计;
②基因家族扩张收缩分析;
③系统发育树的构建;
④物种分化时间推算(需要化石标定);
⑤LTR形成时间估算;
⑥全基因组复制事件(一般为植物基因组的分析项);
⑦选择压力分析。