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宏基因测序
宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象,无需分离培养,直接提取环境样本DNA进行测序,研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等,已广泛应用于微生物领域。
◈适用范围
1. 环境领域:雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等;
2. 生物能源:特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的开发;
3. 医学领域:代谢病、肿瘤癌症等;
4. 农业领域:根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等;
5. 畜牧领域:肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等;
6. 特殊极端环境:极端环境条件下的微生物类群研究。
◈实验流程
◈样品要求:
送样要求 | 环境样本:土壤:3g;粪便:200mg ;污泥/沉积物:3 g;血液:2 mL;液体:25mL。 |
平台选择 | Illumina PE100/125/150 |
推荐测序量 | 肠道/粪便 >6G;水体6-8G;土壤/污泥 > 8G |
◈生信分析: